Fue creado por Ley Nacional N°3.932 del 10 de diciembre de 1911, y se lo denominó Museo de Bellas Artes. Funcionó por un año en el ala izquierda del Teatro Solís; al año siguiente fue trasladado a un pabellón construido a finales del siglo XX en el Parque Rodó de la ciudad de Montevideo, donde se encuentra actualmente. Tuvo varias reformas edilicias a lo largo de su historia e incluso fue cerrado por un lapso de casi once años debido a este motivo (1952-1962). La reforma sustancial fue en la década del 70 y estuvo a cargo del arquitecto argentino Clorinda Testa. En 1986 se construyó una nueva sala en el primer piso con condiciones técnicas más modernas, dedicada a exposiciones temporarias, y en la década de 1990 el paisajista Leandro Silva Delgado y el Arquitecto Fernando Fabiano crearon el jardín frontal.

El Museo alberga la mayor colección pública de pintura y escultura de Uruguay, así como una destacada selección de arte extranjero. Dependiente del Ministerio de Educación y Cultura, su misión es la difusión, preservación, investigación y promoción del arte y la cultura. Cuenta con una exposición permanente de una selección del arte uruguayo y realiza en forma temporal exposiciones monográficas de su acervo, con más de 6000 obras principalmente de artistas uruguayos, entre los que se destacan: Rafael Barradas, Joaquín Torres García, José Cúneo, Carlos Federico Sáez, Pedro Figari, Petrona Viera, Guillermo Laborde, Juan Manuel Blanes. Entre las obras de artistas extranjeros se encuentran, entre otros: Pablo Picasso, Paul Klee, Goya, Eduardo Rosales, Pablo Serrano.

Desde el año 2010, su Director es el artista visual Enrique Aguerre.